Trụ sở UBND đặc khu Hoàng Sa được đặt tại Nhà trưng bày Hoàng Sa, thành phố Đà Nẵng.
Đặc khu Hoàng Sa đặt trụ sở tại Nhà trưng bày Hoàng Sa nằm trên đường Hoàng Sa (phường Sơn Trà, thành phố Đà Nẵng) là nhà trưng bày đầu tiên và duy nhất tại Việt Nam về quần đảo Hoàng Sa, có tư cách pháp nhân hành chính trực thuộc Ủy ban nhân dân thành phố Đà Nẵng.