Những năm gần đây, huyện Phù Yên đã hỗ trợ chuyển đổi cơ cấu kinh tế nông nghiệp, tích cực vận động các doanh nghiệp, hợp tác xã và nông dân áp dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật, từng bước phát triển sản xuất nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao theo hướng bền vững.